通关一周目后，玩家会回到自己家中，父亲会赠送一张船票用于后续跨区域移动。电视新闻会提示天空出现红色或蓝色水都（拉帝欧斯/拉帝亚斯），玩家需选择其中一种颜色，该神兽将随机出现在丰缘地区地图中。博士随后会将图鉴升级为全国版，解锁386种宝可梦的收集权限，这是开启二周目内容的基础条件。

前往凯那市码头使用船票，可乘船抵达水静市并进入对战开拓区。该区域包含七种不同规则的对战设施，如对战塔、对战工厂等，每个设施需要组建特定阵容完成连续挑战。对战金字塔采用迷宫探索机制，玩家需在黑暗环境中寻找出口，期间会遭遇随机训练师和野生宝可梦。完成全部设施挑战后，训练师卡片会获得星级评价。

二周目新增神兽捕捉剧情，火钢兽需在17-18号道路高处取得火山镇石后，前往反转山脉特定位置触发战斗。三圣柱则需要通过地底遗迹的机关谜题解锁，玩家需在帆巴市上方遗迹内按特定步数移动才能进入封印房间。梦幻在绿岭市航天中心通过特殊事件触发，而代欧奇希斯则与陨石事件相关，需完成天空之柱的裂空座剧情后才能遭遇。

新增的支线剧情包括绿岭市大吾宅邸的准神铁哑铃获取，以及流行瀑布与大吾的宿命对决。异乡人之屋的幽灵事件可获取美梦神羽毛，涟漪镇PC中心旁的劲敌会赠送潜水技能机。游戏还隐藏着前作主角相关的彩蛋内容，在鹿子镇前作主角家中可获取王者之证等特殊道具，这些内容需要玩家仔细探索地图每个角落才能发现。