二周目开始后，咱们会发现自己回到了家里，出门就会遇到柳木博士来祝贺成为冠军。虽然放弃了冠军位置，但博士会告诉咱们大木博士和他的学徒从成都过来了，建议去打个招呼。这时候可以先去沙滩方向，用冲浪术来到洛斯利海峡，一直往下冲浪会进入一个山洞，里面能拿到乘龙蛋，过段时间就能孵出可爱的拉普拉斯哦。

继续往下走到狭小海湾，运气好的话能遇到蓝水都拉帝欧斯，记得准备好精灵球捕捉。回到谷木镇后，左边泉边小径也有机会遇见红水都拉帝亚斯，这两只神兽出现地点是随机的，多逛逛总能遇到。之后咱们可以去北岸镇复活之前收集的化石，或者直接飞到棕树镇上方的层云山探险。

层云山的洞穴里藏着不少好东西，一路往深处走会到达融合团研究所。在这里咱们会再次遇到梦幻，不过这次不用战斗，对话后它就会主动加入队伍。记得在研究所多探索一下，有些隐藏道具和特殊剧情很容易错过。二周目很多神兽都需要咱们主动去寻找，不像一周目那样跟着主线就能遇到。

接下来可以去挑战之前没打完的道馆或者探索新区域，比如浅葱灯塔就是个不错的挑战地点。每层都有对战，精灵等级会越来越高，顶层还能随机获得技能机器。满金市的普通系道馆也是个好去处，馆主西蒙的队伍搭配很有特色，战胜他能获得不错的奖励。记得在城里多和NPC对话，有些会给出隐藏任务的线索。二周目最大的乐趣就是自由探索和收集了，比如去传说精灵研究所触发特殊剧情，或者在特定地点等待极光之玉出现。有些隐藏神兽需要完成跑腿任务才能遇到，比如基拉祈就需要帮富家女完成一系列送东西的任务。