进入灰岩坑区域后，先沿着岩壁向下攀爬，注意冰壁附近有陷阱，避开尖刺障碍。攀爬过程中会遇到断裂的木桥，用绳索箭矢连接两侧固定点搭建绳索桥，通过摆动滑到对面平台。抵达下层水域时推动木筏至通道口，借助木筏进入废弃船舱。船舱内部需要转动轮盘机关打开水闸，水位上升后潜水通过旋转的涡轮装置。上岸后立即割断前方吊石的绳索解除陷阱，沿崖壁横向移动时，用爪钩破坏腐朽阶梯的三个木质支点，使阶梯倒塌形成斜坡通向高处。

到达布满图腾柱的广场，重点破解三层图案机关。先在右侧机关处将第三个图案转到三个点的位置，再到左侧将第三个图案转至圆圈状。返回中央大门触动机关，此时机关层数变为四层。左侧第四层保持圆圈，右侧第四层调整为一横，再次触动大门机关。当机关出现第五层时，按任务提示将左侧第五层转为圆圈即数字零，右侧第五层按同伴提示转为七的图案，最终开启神庙大门。

进入神庙遭遇持盾敌人时，烟雾弹能有效扰乱视线。清理敌人后到上层平台，用绳索箭矢连接转盘与对面龙首雕像的转轴，转动轮盘使龙首转向右侧，激活隐藏通道。通过岩缝滑入地下洞穴，在水潭深处潜水找到船长室，获取优质武器和船长笔记。最后攀爬中央神像，按下刻有蛇形图腾的木板，完成灰岩坑的主线探索。