留痕系统是培养幼年恐龙的核心机制，能提升恐龙的属性表现。当幼年恐龙处于婴儿、幼崽或青年阶段时，它们头上会显示一个关注倒计时，计时结束后随机生成三种留痕需求中的一种，例如要求吃特定饲料或散步。将恐龙要求的物品放在快捷栏的0号位，靠近恐龙后按E键喂食就可以完成任务。每次留痕进度根据恐龙的总成长时间除以8来计算，完成留痕任务后恐龙的基础属性会提升20%，包括移动速度和眩晕值。但飞行生物如飞龙和岩龙不享受这种加成，它们需要特殊物品如飞龙奶或无名怪毒液才能满足需求。

要是留痕恐龙由抚养者乘骑，伤害输出和抗性还会额外增加，这在战斗或探索中提供巨大优势。母袋鼠的育儿袋中完成留痕可以带来双倍属性加成并减少食物消耗，优化了资源使用。留痕加成不会遗传给后代，克隆恐龙也不会继承这些效果，因此需要针对每只恐龙单独培养。留痕任务通常涉及饲料种类由地图决定，部分区域需要提前准备特定资源，否则恐龙可能无法完成需求。

培养过程中要监控倒计时和需求变化，要是错过任务窗口，恐龙属性提升机会就会丧失。乘骑时的额外加成能增强战斗效率，留痕系统是高效驯养的关键，能大幅提升恐龙在生存挑战中的实用性，要是在资源采集或基地建设中需要强力助手，优先培养留痕恐龙可以带来明显优势。